东南大学交通学院成立于1995年，其前身可追溯到上世纪二、三十年代的国立东南大学交通运输系及国立中央大学土木工程系的路工组、五十至八十年代南京工学院土木工程系的道路教研组、1987年成立的运输工程研究所、1989年成立的交通运输工程系。
交通学院现设有八个系、八个研究所、三个研究中心及两个产业机构，包括四个一级学科及其下属九个二级学科博士点和十三个硕士点。其中，“交通运输工程”学科是国家重点学科一级学科，拥有一级学科博士点和博士后科研流动站;“土木工程”学科是与土木学院共建的，拥有一级学科博士点和博士后科研流动站。另外，“道路与铁道工程”和“交通运输规划与管理”两个二级学科设有教育部“***”特聘教授岗位。
交通学院是东南大学“重中之重”高峰学科建设单位，拥有“国家道路交通管理工程技术研究中心东南大学分中心”、“江苏省城市智能交通重点实验室”、“江苏省交通规划与管理重点实验室”、“教育部智能交通系统研究中心”、“道路交通工程国家级实验教学示范中心”、“‘交通基础设施安全风险管理’交通运输行业重点实验室”、“现代城市交通技术协同创新中心”，以及与江苏省交科院共建的新型道路材料国家工程实验室等研究基地。学院以“211工程”、“985工程”为契机，形成了以交通运输工程国家一级重点学科为核心，以交通运输规划与管理、道路与铁道工程2个国家二级重点学科为龙头，以交通信息工程及控制、载运工具运用工程国家重点学科建设点、岩土工程江苏省重点学科、桥梁与隧道工程博士点学科为支撑，交通测绘与信息技术、交通安全工程、交通地下工程、港口航道工程学科为生长点的学科布局，成为国内交通类学院学科设置齐全，优势突出的学科群。
交通学院的研究领域覆盖公路交通、岩土工程、城市交通、道路交通管理、民航机场、水运港口等部门的综合运输领域，部分学科处于国内领先水平，成为在国内交通领域具有较大社会影响的高新技术研究和辐射的重要基地，科研综合实力名列全国同类院系前列。在2012年的全国一级学科评估中，交通运输工程一级学科名列全国第一。2000年来，交通学院承担国家973计划、863计划、科技支撑计划、国家自然科学基金等国家级科研项目194项，积极参与国家城市交通“畅通工程”(交通学院为专家组组长单位)、高速公路、长江大桥、地铁工程、国家道路交通安全科技行动计划等国家重点工程的科技攻关项目，获得国家科技进步奖11项、国家技术发明奖1项、部省级科技进步奖126项。近五年的科研经费超过5亿元，发表论文1800余篇，被EI、SSCI/SCI收录的论文1100多篇。获得专利授权248项，其中发明专利169项，实用新型专利41项，软件著作权52项。出版学术著作、教材100多部。
交通学院现有在校学生2200多名，在编教职工218人。专职教师178人，包括中国工程院院士1人，国家特支计划名师1人，“***计划”专家5人，***特聘教授3人，博导61人，硕导35人，教授48人，副教授81人，具有博士学位的教师134人，拥有国务院学科评议组召集人、国家863领域专家组成员、全国五一劳动奖章获得者、国家***基金获得者、国家优秀青年基金获得者、国家“***万人才工程”入选者、教育部新(跨)世纪优秀人才、江苏省教学名师、交通部跨世纪优秀人才等学术精英，获得国家级、省部级各类教学成果奖20多项，全国百篇优秀博士论文2篇。
